Rozmanitost sekvencí aminokyselin v HCV E2 proteinu v PBMC a v séru
Virus hepatitidy C je potenciální lymfotropní virus, ale dosud nebyla prokázána ani internalizace viru v mononukleárních buňkách periferní krve (PMBC – peripheral blood mononuclear cells) ani jejich infekce HCV.
Virus hepatitidy C je potenciální lymfotropní virus, ale dosud nebyla prokázána ani internalizace viru v mononukleárních buňkách periferní krve (PMBC – peripheral blood mononuclear cells) ani jejich infekce HCV. Interakce obalového proteinu E2 viru HCV s CD81 je klíčová pro infekci cílových buněk. Dosud byly popsány dvě oblasti vazeb proteinu CD81 (CD81-1,CD81-2) s HCV E2 proteinem. Pokud se HCV váže s periferními mononukleáry in vivo, pak mohou být z vazebných regionů CD81-1/-2 zachovány aminokyseliny odvozené z PMBC a sérových HCV RNA vzorků.
Cílem prezentované studie bylo zjistit variabilitu vazebných regionů na CD81 odvozených z PMBC a HCV RNA vzorků jak mezi pacienty, tak u jednotlivých pacientů. Do studie bylo zařazeno celkem 33 pacientů (17 žen, 16 mužů, střední věk 43 let) chronicky infikovaných HCV virem genotypu 1a. Segment 285 nukleotidů kódující 95 aminokyselin obsahujících CD81-1 (aminokyseliny 483–493) a CD 81-2 (aminokyseliny 522–551) byl amplifikován pomocí reverzní PCR. Byla provedena detailní mutační analýza odvozených aminokyselin.
Celková frekvence mutací všech CD81-1/-2 vazebných regionů byla 5 % a 10 % v HCV RNA odvozené z PBMC od pacientů infikovaných HCV-genotypem 1a a 1b, a 10 % v HCV RNA odvozené ze séra (genotyp 1a a 1b). K identifikaci zachovalých pozic aminokyselin byly hodnoceny sekvence v různých shodných úrovních (60 %, 80 %, 100 %). V CD81-1 bylo zachováno 82 %, 82 %, 63 % pozic aminokyselin. V CD81-2 to bylo 80 %, 73 %, 60 %.
K vyšetření intraindividuální rozmanitosti aminokyselin autoři srovnávali sekvence CD81-1/-2 odvozené z párových vzorků séra s PBMC a HCV RNA. Vazebné oblasti CD81-1 byly vysoce zachovány v párových PBMC a ze séra odvozených sekvencích. Ve vazebné oblasti CD81-2 byly pozorovány rozdíly mezi párovými sekvencemi PBMC a séra u 3 pacientů ve čtyřech pozicích aminokyselin.
Souhrnně lze konstatovat, že jsou vazebné oblasti CD81-1/-2 zachovány mezi PBMC a HCV RNA odvozené ze vzorků séra. Vysoce zachovalé uspořádání aminokyselin ve shodné hladině 100 % by mohlo být funkčně důležité pro uchycení a vstup viru HCV do buňky. Význam identifikovaného uspořádání aminokyselin (a popřípadě jejich užití jako potenciálního cíle anti-HCV léčby) je v současné době zkoumán na modelech in vitro.
(jos)
Zdroj: Diversity of amino acid sequences within the HCV E2 protein in PBMC and serum. Prezentováno na 59th Annual Meeting Of The American Association For The Study Of Liver Diseases, San Francisco, 2008. Abstrakt 1023.
